Quem está interessado em se inscrever no SiSU precisa ficar atento as regras do Sistema. Na primeira edição do SiSU 2012 só pode se inscrever quem realizou o Enem em outubro do ano passado. Quem já participou de outras edições do SiSU também podem se inscrever, contanto que tenha feito o Enem 2011.
Para a inscrição o único dado necessário é o número de inscrição no Exame Nacional do Ensino Médio 2011 e a senha cadastrada. Não é preciso realizar um novo cadastro. Caso o candidato tenha esquecido a senha, é possível recuperá-la no site do Enem. As notas do candidato no Exame são importadas para o sistema do SiSU.
Depois da inscrição, o sistema seleciona automaticamente os candidatos com maior pontuação, de acordo com a quantidade referente de vagas disponíveis em cada curso. O resultado da primeira chamada será divulgado no dai 15 de janeiro. Os convocados terão entre os dias 19 e 23 de janeiro para se matricularem nas instituições.
Quem for convocado na segunda chamada terá um outro período para se matricular. A segunda chamada será divulgada no dia 26 e as matrículas poderão ser realizadas entre os dias 30 e 31 de janeiro.